Se utilizan métodos independientes de cultivo para la caracterización de la diversidad microbiana en muestras mixtas provenientes de procesos industriales o ambientes naturales.

Este enfoque comprende la caracterización de la composición de la microbiota mediante la extracción de ADN genómico total directamente de la muestra y la amplificación de genes marcadores (ARN ribosomal 16S para bacterias y la región ITS – Internal Transcribed Spacer para hongos). Los amplicones se someten a secuenciación a gran escala y la comparación de las secuencias obtenidas con bases de datos permite la identificación de los géneros presentes y la caracterización de la composición microbiana de la muestra.