Análisis de la comunidad microbiana

Los métodos independientes de cultivo se utilizan para caracterizar la diversidad microbiana en muestras mixtas derivadas de procesos industriales o de ambientes naturales.

Estos enfoques incluyen el análisis de la estructura y la dinámica de las poblaciones a través fingerprint (Denaturing Gradient Gel Electrophoresis – DGGE) o caracterización de la composición de la microbiota mediante la extracción del ADN genómico total directamente a partir de la muestra y la amplificación del gen marcador (RNA ribosomal 16S para bacterias y región ITS – Internal Transcribed Spacer para hongos). En el primer caso, las secuencias obtenidas de la amplificación (amplicones) se separan en gel con gradiente desnaturante y la huella obtenida refleja la complejidad de la comunidad microbiana y permite acompañar cambios en las poblaciones a lo largo de un gradiente espacial o temporal. En el segundo caso, los amplicones son sometidos a secuenciaciamiento a gran escala y la comparación de las secuencias obtenidas con bases de datos permite identificar los géneros presentes y caracterizar la composición microbiana de la muestra.